2008年12月，国家发改委、国家中医药管理局批复江苏省中医院成为国家中医临床研究基地建设单位，重点研究病种为脾胃病（溃疡性结肠炎、胃癌）。根据建设要求，医院成立国家中医临床研究基地建设办公室（下简称基地办）。基地办负责基地建设日常工作、项目申报以及推进重点病种研究。2017年，国家中医临床研究基地正式挂牌。

在国家中医临床研究基地建设基础上，2013年，经省政府同意、省编委批复，我院增挂“江苏省中医临床研究院”牌子。2014年医院出台临床研究院建设管理办法，2015年确定首批内部机构设置和机构负责人，2017年印发临床研究执行主任岗位管理办法，2018年印发临床研究院机构实体化运行试行办法，启动5个研究所（中医消化病研究所、中西医结合肿瘤临床研究所、高血压研究所、中医肾病临床研究所和生殖节律研究所）的实体化运行。

2019年2月，成立江苏省中医临床研究院办公室，与基地办合署办公，负责临床研究院所的行政管理、综合协调和基地重点病种研究工作，基地病种研究工作全面融入研究院所。此外，常态化推进全院临床试验方法学培训，为重点病种专病队列提供顶层设计，服务全院临床试验，包括干预性试验和真实世界研究等研究方案设计和统计思路指导。

2024年6月，临床研究院搬迁至鼓楼区凤凰西街150-1号省中凤凰科创园。

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