先后承担国家级、省级科研项目82项、厅局级科研项目113项，其中，获得科技部国家重点研发计划、国家自然科学基金面上项目、国家自然科学青年基金、国家中医药管理局课题等国家级项目31项，获得江苏省科技厅(省科委)等省级项目51项，获得江苏省中医药管理局等项目75项。

发表论文600余篇，其中，中文核心200余篇，SCI论文100余篇，中科院一区20篇，最高影响因子9.3；取得国家专利10项；获得省部级、国家级学会及省中医药科学技术奖等奖项13项，方祝元主持的“重大慢病相关肾损害中医药防治转化应用研究”项目获得2020年度江苏省科学技术一等奖。

主编学术专著20余部，参加编写人民卫生出版社《中医内科学》《中西医结合临床内科学》等教材2部。