耳鼻咽喉科是建院之初成立的临床一级科室之一，1958年起设中医喉科，1966年～1972年合并至大外科，1972年由干祖望负责组建中医耳鼻喉科。

1986年前，列临床一级科序列；1990年，命名为耳鼻咽喉科；1992年，下设口腔科（二级科）。1996年，被国家卫生部确定为重点专科（建设单位），1999年，通过国家卫生部验收。

2002年，被国家中医管理局确定为全国唯一的中医耳鼻咽喉科重点专科建设单位；2007年，通过国家中医药管理局“十五”重点专科建设验收；2002年，口腔科脱离耳鼻咽喉科，独立为医院临床一级科室。

2008年，被国家中医药管理局确定为“十一五”重点专科耳鼻喉科协作组组长单位；2010年，被国家中医药管理局评为“中医药优势学科中医耳鼻喉科学继续教育基地”；2012年，被国家中医药管理局确定为“十二五”重点专科耳鼻喉科协作组组长单位。