先后承担国家级、省级科研项目47项、厅局级科研项目50余项，其中，获得科技部、国家自然科学基金面上项目、国家自然科学基金项目青年基金、国家中医药管理局等国家级项目33项，获得江苏省科技厅（省科委）等省级项目14项，获得江苏省中医药管理局等项目43项。

发表论文1000余篇，其中，中文核心200余篇，SCI170余篇，中科院一区2篇，最高影响因子10.3；取得国家专项19项；获得科学技术奖8项。2021年，刘沈林教授主持的“益气化瘀解毒方治疗进展期胃癌的方药创制与疗效评价及转化应用”项目获得江苏省科学技术进步二等奖；2019年，刘沈林教授主持的“中医药对胃癌术后无病生存率影响的临床与实验研究——附489例报告”项目获得江苏省中医药科学技术奖一等奖。主编（译）学术专著17部，牵头编写“十三五”全国中医住院医师规范化培训教材《中医内科学-肿瘤分册》、全国中医药行业高等教育“十四五”规划教材《中西医结合肿瘤学》等教材2部。