江苏省中医院1958年成立中医喉科，1972年由干祖望国医大师正式创建中医耳鼻咽喉科，是全国最早的中医耳鼻咽喉科医疗中心，“十五”期间被国家中医管理局确定为全国中医耳鼻咽喉科重点专科建设单位，国家中医院管理局重点学科，卫生部中医重点专科。“十一五”、“十二五”确定为国家中医药管理局重点专科耳鼻喉科协作组组长单位，国家中医药管理局中医药优势学科中医耳鼻喉科学继续教育基地。

科室于上海路本部开设门诊和病房，门诊有10间诊室、1间治疗室、2间测听室、1间中医非药物疗法治疗室、1间电子耳鼻咽喉镜室，病房位于南院15楼西区，常规设有50张床位。仙林紫东院区现常规开设门诊，有2间诊室、1间治疗室、1间测听室。中华中医药学会、中国中医科学院发布的中医医院学科(专科)学术影响力排名中，科室排名2016-2020年第二，2021年度第二，2022、2023年度第五。

科室创始人百岁中医干祖望教授为全国中医耳鼻喉科界泰斗，2014年干祖望被评为“国医大师”称号，科室传承干祖望学术思想，有江苏省省名中医2人，江苏省省名中西医1人，全国优才1人、省优才（西学中）1人，省“333工程人才”第2层次1人，省“333工程人才”第3层次1人。现有在职医生21名，其中主任医师6名，副主任医师4名，主治医师7名，住院医师4名，其中中医师16人，医师5人，博士7人，硕士14人。退休返聘医师9名（8名正高，1名副高），中、西医人才齐全。