江苏省中医院肛肠科成立于1955年，是最早的特色专科之一。建科以来，本着发扬传统医学特色和优势，积极吸收现代医学新技术，中西合璧，全面发展的思路，建立了特色鲜明、实力雄厚的现代肛肠学科临床体系和学术团队，专科技术在国内同领域处于领先水平。目前为中国中医医院学科十强专科、中国炎症性肠病诊疗质控中心（IBDQCC）、江苏省重点学科、江苏省中医重点临床专科、江苏省中医消化病临床医学中心结直肠癌分中心、中国中西医结合学会大肠肛门病专业委员会炎性肠病专家组组长单位、江苏省中西医结合学会大肠肛门病专业委员会和炎症性肠病多学科协作专业委员会主任委员单位。拥有博士研究生导师6名、硕士研究生导师9名，江苏省名中医2名、江苏省名中西结合专家1名，江苏省中医药领军人才1名，江苏省“333高层次人才培养工程”第二层次中青年领军人才1名，美国结直肠外科医师协会（ASCRS）国际委员2名。医疗骨干多为研究生以上学历，多人在国际著名结直肠外科如英国圣马克医院、美国明尼苏达大学和克利夫兰医学中心、意大利萨萨里大学、日本高野医院等学习和工作，掌握了各种先进的诊疗技术。目前在本部和紫东院区均设有门诊和病区，其中本部2个病区，紫东院区1个病区，开放床位120张；门诊设有8个诊室，1个盆底疾病诊疗室，1个换药室。年平均门、急诊量80000余人次，手术4000余台。
  专科诊治范围包括：①肛管直肠良性疾病（如痔疮、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、直肠脱垂、肛门失禁、直肠阴道瘘等）；②结直肠良恶性肿瘤（结肠息肉、结肠间质瘤、家族性腺瘤性息肉病、结直肠癌）；③炎症性肠病（如溃疡性结肠炎、克罗恩病、放射性肠炎）；④功能性肠病（如肠易激综合征、便秘、大肠黑变病等）；⑤盆底疾病（骶前肿瘤、直肠前突、盆底失弛缓综合征等）。 
  专科特色： 1.复杂肛肠良性疾病的微创治疗：常规开展 “痔上黏膜环形切除吻合术（PPH）” 、“多普勒引导下痔动脉结扎术（DG-HAL）”、“硬化注射术”、“选择性痔上黏膜切除术（TST）”、“肛瘘推移皮瓣术”、“肛瘘结扎术（LIFT）”等微创手术。独有的“保留括约肌挂线法”、“定向挂线术”、“切开挂线对口引流术”、“药捻式置管引流法”、“痔保护肛垫悬吊缝合法”、“核磁共振肛瘘评估技术”、“超前平衡镇痛法”等新方法，具有创伤小、疼痛轻、恢复快、肛门功能保护好等优点。 2.盆底疾病的特色治疗：建立首个国内盆底外科专科医师培训，专注于直肠阴道瘘、肛门失禁和骶前肿瘤等复杂性盆底疾病的外科诊疗技术培训，已培养来自全国各地的专科医师50余名。常规开展括约肌修补结合会阴成形术治疗产伤和外伤性肛门失禁，推移瓣修补治疗直肠阴道瘘，肛门成形术治疗各种肛管直肠狭窄，Limberg、Karydakis和Bascom臀沟抬高皮瓣技术常规用于骶尾部藏毛窦的治疗，直肠脱垂经会阴手术（Altemeier术、Delorme术）和经腹固定手术，经肛吻合器直肠切除术（STARR手术）和直肠前突经直肠修补术等各种便秘治疗手术，以及复杂性骶前肿瘤手术和盆底修复性手术等。 3.炎症性肠病的中西医结合治疗：在国内率先开展生物制剂联合微创手术（中医挂线、LIFT手术）的多模式方案治疗克罗恩病肛瘘，瘘管闭合率全国领先，经过十余年的专注发展已成为克罗恩病肛周病变的主要转诊中心，是中国炎症性肠病基金会指定的肛周病变专科医师培训基地；开创性的弧形狭窄切除术治疗克罗恩病直肠狭窄，疗效明显。中医药治疗溃疡性结肠炎特色优势明显，疗效满意。4. 结直肠肿瘤的规范治疗：常规开展“腹腔镜直肠癌全系膜切除术（TME）”、“直肠癌超低位切除术”、“ISR术”、“NOSES术”、“改良Bacon术”、“Parks术”等微创手术，根据患者病情个性化治疗，并辅以中医中药治疗，保证患者根治、保肛、提高生存质量的需求。对癌前病变和直肠早期癌症开展国际一流的“经肛内镜下微创手术（TEM）”，使我院直肠肿瘤微创治疗达国际先进水平。
  科研成果：完成及在研的国家自然基金课题16项、国家“十二五”支撑课题3项、国家中医药管理局课题3项、省自然基金等省级课题8项、省“六大人才高峰”资助项目3项、省“333工程”资助项目3项、厅局级课题10余项，获江苏中医药科学技术奖一等奖1项、省科技进步三等奖1项、四等奖1项。出版专科著作9部，发表高质量SCI文章20余篇，其中2篇被美国结直肠外科医师教科书收录；牵头制定了《克罗恩病肛瘘诊断与治疗的专家共识意见》，作为主要成员单位参与制定了《肛周脓肿临床诊治中国专家共识》、《肛周坏死性筋膜炎临床诊治中国专家共识》、《炎症性肠病外科治疗专家共识》和《中国痔病诊疗指南》，为我国结直肠疾病规范化诊疗工作做出了重要贡献。
  本院制剂：痔瘘熏洗剂、黄芩油膏、养阴润肠合剂、黄葵敛肠灌肠液、痔瘘熏洗浸膏。有效缓解肛管常见病如痔疮、肛瘘、肛裂的肿胀、疼痛、出血等症状。